在盟军的故事线里，虽然美国的总统被自己人消灭，不过以欧洲军队为主导的盟军还是击败了苏联与旭日帝国，第三次世界大战终于结束了。
不过，当盟军为了防止这些战败国再度发起战争、而向这些国家派遣驻军时，却遭到了激烈的反抗，特别是旭日帝国。
虽然在芳郎天皇死后，达郎皇子继承了旭日帝国领导人的位置，并向盟军投降，但是原芳郎天皇手下的将军们都不愿意接受这个结局，他们召集手下旧部，在各自的领地内仍然负隅顽抗。
盟军起义时刻01：传统的终结
在第三次世界大战结束后，作为盟军获胜的最大功臣，指挥官得到了一个长假，整个假期，指挥官都是与在战争时培养出亲密感情的谭雅一起度过的，好不快活。
而在休假结束后，指挥官再次回到办公室，迎接他的是之前与谭雅竞争配偶权失败的伊娃通讯官。虽然当初指挥官选择谭雅而没有选择她，让她非常受伤，但是经过长时间的调整，如今伊娃的情绪看起来已经平复很多，虽然对待指挥官的态度变得有些淡漠，但是考虑到指挥官毕竟名草有主，这份疏远倒也可以理解。
没有太多的废话，简单寒暄几句后，伊娃通讯官直接切入正题，这次叫指挥官过来，是为了镇压旭日帝国的起义。
达郎皇子（天皇）虽然已经选择投降，并且与盟军已经建立了比较良好的合作关系，但是他手下多位将军不愿意服从达郎皇子的调度，帝国指挥官长间晋三已经发起了叛乱，达郎向盟军求助，上级决定派出指挥官与达郎合作。
接到命令后，指挥官立刻赶往旭日帝国，见到了达郎。
在经过不那么亲切的会晤后，达郎告知指挥官，虽然长间晋三不愿意服从他的统治，是个观念保守且固执的人，但是他的指挥能力非常强，目前正在他的家乡新伊贺国招兵买马，发动叛乱。
由于第三次世界大战已经结束了，指挥官必须想办法在不大张旗鼓的情况下，击败长间晋三的军队，活捉他们的将领，让长间晋三接受法律的制裁。
准备妥当后，伴随着家乡的小曲，指挥官派出MCV及少量护卫部队赶赴新伊贺国。由于长间晋三早已得知盟军的进攻计划，盟军MCV在前往指定的岛屿途中，受到了长间晋三部队的层层阻拦。
不过最后，这支部队还是有惊无险地到达了预先计划的岛屿，并在这里部署了MCV，建立了临时基地。
长间晋三对于盟军的到来显然并不欢迎，他不断派出军队进攻盟军基地。好在盟军所在的岛屿周围四面环水，在摧毁几座桥梁后，盟军基地的防守压力大大降低，指挥官也能趁此时机发展自己的部队，准备向长间晋三部队发动反击。
为了积攒实力，长间晋三还起用了弓箭少女部队，这支部队的成员都是由少女组成，因为没能通过火箭少女的选拔，而选择用弓道来贡献自己的力量。
虽然都是女性，不过这批弓箭少女的实力不容小觑，经过专业的训练，在高科技长弓的加持下，这些弓箭少女能给予盟军地面和空中部队不小的杀伤。
不过，这次对旭日帝国的武装镇压，也是盟军武器供应商未来科技一次实验他们新武器的试验场，在建立军事基地后不久，上级就派出了未来科技提供的先锋武装炮艇协助指挥官的行动。
这些炮艇装配有威力巨大的对撞机大炮与机枪，机身厚重耐揍，依赖对撞机燃料电池提供动力，具有稳定的输出与续航能力。
在盟军强大的先锋炮艇加上阿波罗战机的配合下，长间晋三的部队根本无力抵抗，几座基地转瞬之间就被轰炸成废墟。
在解决长间晋三的大部队后，指挥官派出冷冻直升机，对长间晋三的住所发动攻击，很快这座屋子就被冻成了冰雕。
而长间晋三对于盟军的冷冻科技也十分惊诧，认为盟军指挥官这种操弄“巫术”的行为，就算赢了也是胜之不武，于是转头就乘坐迅雷载具，化成普通坦克的样子准备浑水摸鱼，溜出城去。
然可惜，指挥官慧眼如炬，一眼就识破了迅雷载具的伪装（指点击迅雷载具会出现特殊的技能标识），随后用冷冻直升机，成功冻住了长间晋三的载具，逮捕了长间晋三。
叛乱被成功镇压，达郎也向指挥官表达了感谢，在指挥官的努力下，旭日帝国朝和平安定更进了一步。
盟军起义时刻02：不宜谋反的家族
在长间晋三战败后，达郎成功收编了他的部队，他的统治也因此更加稳固。
然而，另一位军阀——来自大阪的天西贤治，仍继续统率着他的部队与达郎以及盟军进行对抗。
由于上一次的合作十分成功，达郎决定继续与指挥官合作，他告知指挥官，天西贤治虽然年轻易冲动，但是他对于新技术的接受程度很高，在他的麾下有旭日帝国最新的武器装备——钢铁浪人以及纳米虫群护盾，因此同样是个不容小觑的对手。
这话并没有错，经过指挥官的调查，狡诈的天西贤治，为了防范盟军的进攻，早已用纳米虫群护盾将自己的总部团团包围，想要直接摧毁天西贤治的总部，将其逮捕送审，基本是件不可能的事情。
遗憾的是，天西贤治虽然给总部加了好几个套套，但是对于运行纳米虫群护盾的纳米虫群产生器却疏于防卫，三座纳米虫群产生器，每座都只有少量帝国步兵负责防卫工作。
盟军指挥官自然不可能放过这个机会，立刻派出三队空降部队对这些装置发动突袭。
结果显而易见，三座装置被破坏，围绕天西贤治总部的纳米虫群护盾也因此失灵，指挥官也派出了MCV，建立前线基地，准备对天西贤治发动反击。
由于基地位置比较特殊，天西贤治可以进攻盟军基地的路口十分狭窄，加上冰冻直升机的步兵版——冰冻军团具有大范围冰冻效果，防御天西贤治部队的进攻并不算难。
趁着天西贤治久攻不克的这段时间，指挥官也生产训练了大批先锋炮艇，利用这些炮艇，指挥官对天西贤治的总部发动了突袭。
总部被摧毁，天西贤治的部队也所剩无几，但是他并不打算就这么俯首投降。为了防止盟军利用超时空传送将他逮捕，天西贤治坐进了他自己准备的黑鬼王机甲，启动了他早就建造好的科技抑制器，阻挡了超时空传送装置对他的位置定位，为了防止科技抑制器再被盟军摧毁，天西贤治还将自己所剩不多的步兵全部投入到抑制器的防御工作。
由于这次任务的要求是活捉天西贤治，因此指挥官必须想办法摧毁这个装置，将天西贤治传送到他应该去的地方。
指挥官派出了一批冰冻军团以及老婆谭雅来执行这次任务，虽然人数处于劣势，但是冰冻军团的群体控制，加上谭雅一枪一个的神枪法，很快科技抑制器周围的帝国步兵就被消灭殆尽。
天西贤治想要阻止部队的前进，但是在冰冻军团的冷冻气下，天西贤治的黑鬼王被冻成了大冰雕，动弹不得，谭雅直接当着天西贤治的面，炸毁了科技抑制器。
没有了科技抑制器的干扰，盟军的超时空传送装置成功锁定了天西贤治的位置，连人带机甲给他愉悦送走。
至此，天西贤治的叛乱也被解决，达郎又收编了天西贤治的部队，他的势力再次得到了扩张，距离彻底旭日帝国的彻底稳定，仅差一个佐藤高良。
盟军起义时刻03：真将军的态度
连续经历两场大战，指挥官的部队早已疲惫不堪，装备也被严重损耗，但是据盟军情报部门调查，帝国指挥官佐藤高良，计划发动全面攻击，夺取王权，一旦她成功得手，此前盟军的一切努力将前功尽弃。
再苦一苦士兵，只要打完这场仗，旭日帝国的起义就能被彻底镇压，在达郎成功晋升为帝国天皇后，他一定能协助盟军完成对帝国的控制。
达郎向指挥官详细介绍了佐藤高良的情况，这位年轻的女指挥官，拥有丰富的作战经验，她的驭人之术非常厉害，即使现在她的军力对比达郎处于弱势，但是其手下依然忠心耿耿。
作为芳郎天皇的继承人，达郎无法接受这种情况的发生，虽然有多年的同事情谊，不过达郎还是要求指挥官杀死所有忠于高良的帝国士兵，包括指挥官高良自己。
这次终于不用畏首畏尾的战斗了，听完达郎的讲解，指挥官立刻派出MCV和护卫小队赶赴佐藤高良据守的宫古岛。
如果顺利的话，这场战斗将是盟军平定旭日帝国叛乱的最后一站，为了这场战役，上级给指挥官派出了最新的平定者坦克协助指挥官作战。
这辆坦克拥有强大的远程攻击能力，除了瞄准性能稍微差了一些，有时容易误伤友军外，总体测试表现非常出色，考虑到指挥官的个人能力十分优秀，未来科技也是打算趁着这个机会，测试一下平定者的实战表现到底如何。
在高良基地附近，有两处比较适合建造盟军基地的空地，指挥官选择了距离比较接近高良基地的空地作为盟军部队的驻扎点，将其作为进攻高良基地的前哨站。
由于盟军已经剿灭了长间晋三以及天西贤治的叛乱，因此佐藤高良只能独自面对盟军的进攻，她的部队虽然忠心，但是毕竟数量有限。
而指挥官也没有急于进攻，由于部队都非常的疲惫，因此指挥官在原地休整了很长一段时间，在建立足够的部队优势、部队的士气和体力也恢复大半以后，才向高良发动最终攻击。
这场战斗比之前打长间晋三与天西贤治还要顺利，指挥官甚至还有余力在推进的同时，占领高良的军事建筑，帮助未来科技公司整理收集帝国的军事科技。
随着高良的基地被彻底摧毁，佐藤高良只能无奈率领少量部队撤退，虽然没能杀死她，但是佐藤高良已经失去了反抗达郎的力量，剩下的交给达郎来处理就好，指挥官的任务已经完成。
正当盟军打算撤离战场时，达郎发来消息，告知指挥官一个惊人的事实。
原来，一直以来，达郎都在利用盟军帮助他平叛，如今佐藤高良已经被击败，达郎已经完全继承了帝国军队的控制权，他终于成了真正的帝国天皇，而接下来，他将继承父亲的遗愿，让旭日帝国再次伟大，而让帝国复兴的第一步，就是消灭盟军最厉害的指挥官。
就连伊娃也没想到，盟军的情报部门这么废物，达郎的投降只是假意改信，日后悔过，而达郎刚结束与指挥官的通信，就立刻派出了他早已准备好的伏兵，向宫古岛的盟军发动了袭击。
达郎的进攻可以说是不计成本非常猛烈，这批进攻部队里甚至还有旭日帝国最新研发的超级要塞，这些可变性的大脑袋造价高昂，能够从口中发出威力巨大的激光，能够轻松消灭任何被激光扫射到的地面单位。
由于没有预料到达郎的背叛，在叛军的第一波攻击下，盟军损失惨重，而早有预谋的达郎，还夺取了指挥官的超时空传送装置，使得前期的战况更加的不利。
但是久经战场的指挥官，还是迅速将局面稳定了下来，开始调集剩余的部队防御达郎叛军的进攻。
虽然达郎早有预谋，但是指挥官此时握有盟军与帝国两个阵营的尖端科技，在扛过前几波的进攻后，达郎后期的进攻逐渐疲软，而盟军的军力却逐渐强盛。
最终，利用帝国自己的超级要塞，以及盟军的先锋炮艇、阿波罗战斗机，指挥官成功镇压了达郎的叛乱，将达郎关进了监狱。
这场战役之后，达郎及其手下三位将军的叛乱被全部镇压，没有人有能力再发动这种大规模的战争。
不过，因为失去了达郎以及几位将军，暂时没有人能够代替盟军统治旭日帝国的人民，旭日帝国国内仍不时有小规模的起义发生，想要彻底稳定局势，盟军还有很长的路要走。
